源泉徴収

復興税が創設されたことから、平成25年1月から源泉徴収の実務は変わります。
具体的には、所得税の源泉徴収義務者は、所得税を徴収する際に、徴収する所得税に加えて
復興特別所得税（徴収する所得税額に2.1％の税率を乗じて計算した金額）も源泉徴収しなければなりません。

条文の規定に則した計算

源泉徴収すべき復興特別所得税を「上場株式等の配当金15,210円」を例に条文に則して計算すると次のようになります。
なお、いずれの徴収税額も国税通則法の規定に従って、課税標準及び確定税額の1円未満の端数は切り捨てて計算します。

しかし、上記のように「所得税額」と「復興特別所得税額」をいちいち計算することは、事務処理上煩雑で面倒です。
そこで、実務では、一度に計算すべく、合計税率（所得税の源泉徴収税率（％）×102.1％）を用いて計算することに
なるものと思われます。
上記例で計算しますと、
7％×102.1％＝7.147％の合計税率となり、15,210円×7.147％＝1,087円（1円未満の端数切捨て）の徴収税額になります。

1円の違いが生じるが？

事例の上場株式等の配当では、その都度計算と合計税率での計算では1円の違いが生じてしまいます。
これは、国税通則法による課税標準及び確定税額の1円未満の端数切捨てにより生じる差異です。
そこで、復興特別所得税では、いずれの計算によっても差異が生じないよう
課税標準及び確定税額の端数処理に特別な規定を定めています。
つまり、国税通則の規定を適用しないで、課税標準においては1円未満の端数は切り捨てないで計算し、
確定税額にあってはそれぞれの確定税額を合計した上で1円未満の端数を切り捨てる仕組みになっています。

上記事例で確認してみます。

結果的には、合計税率を用いて計算できることになっているようです。